Původní dřevařská osada byla založena v polovině 16. století. Okolní lesy, bohaté na smrkové dřevo s dobrou rezonancí, daly vzniknout i podnikům na zpracování rezonančního dřeva. Od poloviny 19. století sem byla převedena výroba a zpracování ozvučných desek z Bienertovy továrny na Modravě. Továrna fungovala až do roku 1929.
Výstavba železniční tratě spojující Prachatice s Pasovem zvýšila důležitost obce. Trať vedla přes Volary, Černý Kříž, Stožec, Nové Údolí a Waldkirchen. Minulý čas je použit, protože v současnosti trať končí již v Novém údolí, neboť v období totality (přesněji v roce 1976) německá strana již nepočítala s jejím dalším provozem a železniční trať na německé straně území nechala odstranit. V době mezi světovými válkami zde projížděl i přímý spoj mezi Prahou a Pasovem.
Dnes zde sídlí základna nadšenců, kteří udržují v provozu jeden z posledních "kafemlejnků" jak byly nazývány lokomotivy řady 310, které byly na zdejších tratích používány spíše k tažení nákladních vlaků s dřevem, než k přepravě cestujících.
V dnešní době je to naopak. "Kafemlejnek" s dobovými vagony vyráží na pravidelné trasy z Nového údolí až k Lipnu a zpět. Pro děti je to nezapomenutelný zážitek, pro děděčky ... i vzpomínka.
Nesmíme však opomenout stožecké informační středisko ŠUNAPu s velmi dobře propracovanou vnitřní i venkovní expozicí.